בשנים האחרונות מסתמנת תופעה חמורה ופסולה במסגרתה יוזמים פקידי רשות האוכלוסין וההגירה חקירות אודות יהדותם של אזרחים. במסגרת פרקטיקה זו, נדרשים אזרחים אלו לוותר על רישום יהדותם או יהדות צאצאיהם, אשר הוכחה זה מכבר בפני רשויות המדינה לפני עשרות שנים בעת העלייה שלהם או של הוריהם ארצה. על אף הוראות החוק המגנות על רישום דתו ולאומו של האזרח, רשות האוכלוסין עושה שימוש במשאביה הציבוריים במטרה לפגוע ברישום זה.