לפירוש מורחב של השם "יונתן", ראו "יהונתן".
משמעות השם יונתן = האל נתן. מבטא נתינה והכרה שהתינוק הוא מתנה מאת הבורא.
1. בנו של שאול המלך, וידיד נפשו של דוד המלך.
2. שמו של מושב בגולן.
3. שם של אחד מחכמי המשנה: רבי יונתן. "רבי יונתן אומר כל המקיים את התורה מעוני סופו לקיימה מעושר וכל המבטל את התורה מעושר סופו לבטלה מעוני" (משנה מסכת אבות פרק ד' משנה ט').