מקורו של השם אפרים במקרא, בדמותו של אפרים, בנם הצעיר של יוסף ואסנת, נכדם של יעקב אבינו ושל רחל אמנו. בלידתו של אפרים קורא לו אביו בשם זה ומסביר את השם כך:
"וְאֵת שֵׁם הַשֵּׁנִי קָרָא אֶפְרָיִם, כִּי הִפְרַנִי אֱלֹהִים בְּאֶרֶץ עָנְיִי (בראשית מ"א 52)".
אפרים – מן המילים 'פרי', 'פריון', מבקש לסמל את הברכה הרבה שזכה לה יוסף. כלומר, יוסף חש שעל אף שהותו הקשה בגלות ותחושת הניכור שהרגיש, האל הפרה אותו גם מבחינה ממשית, כאשר נתן לו בן, וגם מבחינות נוספות, כגון המעמד הרם שזכה לו כמשנה למלך בארץ מצרים. זהו ביטוי לעלייתו הניסית והמפתיעה מתהומות בגידת האחים ובור הכלא המצרי אל פסגת ההצלחה, העושר והכבוד. אפרים המקראי זוכה למעמד של בכורה על פני אחיו הבכור מנשה, המתבטא בכך שיעקב סבם משכל את ידיו על ראשי הנכדים, כאשר יד ימינו על ראש הצעיר – אפרים, ודווקא שמאלו על ראש הבכור – מנשה. הוא מברך אותם במלים שהפכו לאחר מכן לברכה הקלאסית הנאמרת לילדים צעירים: "הַמַּלְאָךְ הַגֹּאֵל אֹתִי מִכָּל רָע, יְבָרֵךְ אֶת הַנְּעָרִים וְיִקָּרֵא בָהֶם שְׁמִי וְשֵׁם אֲבֹתַי אַבְרָהָם וְיִצְחָק, וְיִדְגּוּ לָרֹב בְּקֶרֶב הָאָרֶץ" (בראשית מ"ח 16) .
כמו כן, מברכתו של יעקב לנכדיו מנשה ואפרים לקוח נוסח הברכה הנאמרת לבנים בכל ערב שבת: "יְשִׂמְךָ אֱלֹהִים כְּאֶפְרַיִם וְכִמְנַשֶּׁה" (בראשית מ"ח 20).
האיש אפרים מתפתח וצומח להיות 'שבט אפרים', הגדול שבשנים עשר שבטי ישראל, שבט אשר סמלו הוא דגל בצבע זהב ועליו ראש עגל, בעקבות ברכת משה רבינו לשבט הזה: "בְּכוֹר שׁוֹרוֹ הָדָר לוֹ, וְקַרְנֵי רְאֵם קַרְנָיו" (דברים ל"ג 17).
שבט אפרים ישב באזור שבין ירושלים לעמק יזרעאל ובין השאר בערים שילה, בית אל, שכם ושומרון. הוא נחשב לשבט בעל מעמד רם, ובמידה רבה למייצגה של ממלכת 'ישראל' בתקופה בה היתה הפרדה בין ממלכת 'ישראל' וממלכת 'יהודה'. מבניו המפורסמים של שבט אפרים הם יהושע בן נון (יורשו של משה רבנו ומוביל כיבוש הארץ), הנביא שמואל (שנאבק בעמלק), וכן מלכי ישראל (שנחשבו לרשעים) – ירבעם בן נבט, עמרי ואחאב. במספר מקומות מכונה כל עם ישראל בשם 'אפרים', וכך למשל בפסוק הנחמה והחיבה שאומר הקב"ה לעם ישראל מפיו של הנביא ירמיהו: "הֲבֵן יַקִּיר לִי אֶפְרַיִם, אִם יֶלֶד שַׁעֲשֻׁעִים, כִּי מִדֵּי דַבְּרִי בּוֹ, זָכֹר אֶזְכְּרֶנּוּ עוֹד; עַל כֵּן הָמוּ מֵעַי לוֹ, רַחֵם אֲרַחֲמֶנּוּ, נְאֻם יְהוָה" (ירמיהו ל"א 19).
הבן היקיר וילד השעשועים האהוב הוא עם ישראל, והוא מכונה על ידי 'אביו', הקדוש ברוך הוא בשם הכולל – 'אפרים'. בפסוקים אלה מביע הקדוש ברוך את אהבתו לעם ישראל ומבטיח לזכור את עם ישראל ולרחם עליו. בקוראכם לבנכם בשם 'אפרים', אתם מלווים אותו בברכה בה בירך יוסף את בנו, ברכה של פריון ושל צמיחה, ברכה של תנובה ושל הצלחה.
