שם המבטא את הזיקה של הבן לירושלים. השם ציון אינו מקראי, אך ככינוי לירושלים הוא מופיע תדיר במקרא, כמו בפסוק הבא המתאר את השיבה מהגלות אל ירושלים, שתהיה מלווה בשמחה עצומה:

"וּפְדוּיֵי אדוני יְשׁוּבוּן וּבָאוּ צִיּוֹן בְּרִנָּה וְשִׂמְחַת עוֹלָם עַל רֹאשָׁם; שָׂשׂוֹן וְשִׂמְחָה יַשִּׂיגוּן נָסוּ יָגוֹן וַאֲנָחָה" (ישעיה נ"א, 11).

השם בן-ציון מוכר לנו לראשונה כשם מהמשנה במסכת עדויות (עדויות ח' ז'). רש"י פירש שאותו חכם שנשא שם זה היה "אדם חשוב ובעל זרוע". מאוחר יותר בהיסטוריה קמו אנשים מפורסמים נוספים בשם זה כגון הרב הראשי הספרדי, המכונה 'הראשון לציון', הרב בן-ציון מאיר חי עוזיאל ז"ל, וכן איתמר בן אב"י, בנו של אליעזר בן-יהודה. איתמר קיבל את השם בן-ציון על-ידי אביו שבחר לקרוא לו כך על-פי נוהג מקובל לקרוא לבכור הנולד בירושלים בן-ציון. שם זה מתאים במיוחד לילידי העיר ירושלים, וכן לילידי יום ירושלים החל בכ"ח באייר. שם מקביל לבת הוא בת-ציון.