לפירוש מורחב של השם "יונתן", ראו "יהונתן". משמעות השם יונתן = האל נתן. מבטא נתינה והכרה שהתינוק הוא מתנה מאת הבורא. 1. בנו של שאול המלך, וידיד נפשו של דוד המלך.

"וַיַּךְ יוֹנָתָן, אֵת נְצִיב פְּלִשְׁתִּים אֲשֶׁר בְּגֶבַע, וַיִּשְׁמְעוּ, פְּלִשְׁתִּים; וְשָׁאוּל תָּקַע בַּשּׁוֹפָר בְּכָל-הָאָרֶץ לֵאמֹר, יִשְׁמְעוּ הָעִבְרִים" (שמואל א' ג' 13).

2. שמו של מושב בגולן. 3. שם של אחד מחכמי המשנה: רבי יונתן. "רבי יונתן אומר כל המקיים את התורה מעוני סופו לקיימה מעושר וכל המבטל את התורה מעושר סופו לבטלה מעוני" (משנה מסכת אבות פרק ד' משנה ט').