השם רפאל משלב בין המילים רפואה ו-אל, כפי שאמר משה בתפילתו על מרים:
"אֵל נָא רְפָא נָא לָהּ" (במדבר יב, יג).
שם זה מופיע במקרא בספר דברי הימים א, פרק כו, פסוק ז, כשמו של אחד הלויים: "בְּנֵי שְׁמַעְיָה עָתְנִי וּרְפָאֵל וְעוֹבֵד אֶלְזָבָד אֶחָיו בְּנֵי חָיִל אֱלִיהוּ וּסְמַכְיָהוּ"
בשם רפאל נקרא המלאך הממונה על הרפואה: "קרא אותו רפאל ומסר בידו כל מיני רפואות שבעולם" (אוצר המדרשים, אייזנשטיין). על פי המדרש, רפאל היה אחד המלאכים אשר נגלו אל אברהם. וכך כתב רש"י בפירושו לפסוק "וַיִּשָּׂא עֵינָיו וַיַּרְא וְהִנֵּה שְׁלֹשָׁה אֲנָשִׁים נִצָּבִים עָלָיו" (בראשית יח, ב):
והנה שלשה אנשים – אחד לבשר את שרה ואחד להפוך את סדום ואחד לרפאות את אברהם… ורפאל שרפא את אברהם הלך משם להציל את לוט, הוא שנאמר (שם יז) ויהי כהוציאם אותם החוצה ויאמר המלט על נפשך: איזכור למלאך רפאל מופיע בתפילה 'קריאת שמע שעל המטה': "בשם ה' אלהי ישראל מימיני מיכאל ומשמאלי גבריאל ומלפני אוריאל ומאחורי רפאל ועל ראשי שכינת אל"
